2021-705223 – Post-doctorat – Phylogénie des néogastropodes -Projet ERC HYPERDIVERSE H/F

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  • Publié il y a 1 mois

Domaine fonctionnel : Recherche/Chercheuse / Chercheur
Nature de l’emploi : Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
Description du poste :

L’European Research Council (ERC) finance l’excellence scientifique à la frontière des   connaissances. Il s’agit d’un programme scientifique dédié à la recherche exploratoire, dont l’unique critère de sélection est l’excellence scientifique.

Nicolas Puillandre, Maître de Conférence, MNHN est lauréat (PI) d’un prix ERC. Son projet ERC HYPERDIVERSE “Keys to evolutionary success: untangling drivers of hyperdiversification” a été retenu par l’ERC pour un financement d’environ 2 M d’euros.

Description du projet :
Le projet ERC HYPERDIVERSE 2020-2024 vise à proposer une nouvelle phylogénie des néogastropodes (Mollusca), de façon à comprendre les facteurs à l’origine du succès évolutifs du groupe.

Ce poste est intégré à 100% dans le projet ERC HYPERDIVERSE.

– Traitement des données brutes issues du séquençage
– Assemblage des reads en contigs et en scaffolds
– Annotations des gènes, et en particulier ceux impliqués dans la production des toxines et dans le développement larvaire
– Valorisation des résultats (publications scientifiques)

CDD type « contrat projet » d’un an (renouvelable) à compter du 1 novembre 2021 :

Indispensable au bon déroulement du cadre conventionnel conclu entre la Commission européenne et le MNHN, le recrutement vise à garantir la réalisation d’un des objectifs du projet, notamment le séquençage de 15 génomes d’espèces caractérisées par diverses stratégies d’alimentation et de développement, qui pourraient avoir influencé le succès évolutif du groupe.
 
Au cours du projet, le candidat retenu utilisera une stratégie d’assemblage hybride pour générer les premiers génomes de haute qualité des Néogastropodes, connus pour avoir une grande taille de génome (2-5Gb), avec de nombreux éléments répétés.
 
Le post-doctorant devra assembler les génomes, en combinant les données de différentes technologies de séquençage (Illumina, Minion, PacBio). Dans l’étape d’annotation ultérieure, il sera également en charge de l’annotation du génome, notamment pour identifier les gènes candidats impliqués dans l’alimentation (e.g. toxines, anesthésiques, etc…) et dans le développement larvaire, en intégrant des approches de génomique des populations.
 
Au sein de l’Institut de Systématique, Evolution et Biodiversité du MNHN, le post-doctorant travaillera dans l’équipe 3E (“Exploration, Espèces, Evolution »). L’équipe organise régulièrement des expéditions auxquelles le post-doctorant peut se joindre, pour enrichir les collections du MNHN. Le projet ERC évolue dans un réseau international très actif de taxonomistes et d’évolutionnistes avec lequel le post-doctorant collaborera.

Des entretiens professionnels seront menés tous les ans pour en évaluer le résultat.

Le présent recrutement nécessite des connaissances avancées en bio-informatique.

– Excellente maîtrise des méthodes d’analyses moléculaires NGS.
– Excellente maitrise des outils d’analyses des données brutes issus des séquenceurs Illumina et PacBio.
– Excellente maitrise des outils d’assemblage (Canu, Racon, Pilon, MaSuRCa, Tigmint…) et d’annotation (BLAST, HMMER, MAKER…).
– Capacité à s’intégrer dans l’équipe et au projet de recherche, motivation et rigueur pour développer le projet et le mener à terme.
– Motivation pour participer à la formation des autres membres de l’équipe
Lieu d’affectation : 75001 Paris, France

 
 
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Détails de l’offre d’emploi