2021-764059 – Chargé de projet pour la conception et la validation d’outils épigénétiques H/F

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  • Publié il y a 2 mois

Domaine fonctionnel : Recherche/Chercheuse / Chercheur
Nature de l’emploi : Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
Description du poste :
Contexte de recrutement
Les recherches menées au sein de l’unité StrInG visent à la compréhension des mécanismes moléculaires et cellulaires soutenant la dynamique des génomes et de leur évolution. L’équipe ARChE s’intéresse au rôle et à l’évolution des séquences répétées dans les génomes eucaryotes.
Le projet proposé vise à comprendre comment les marques épigénétiques associées à certaines séquences répétées agissent sur la formation de compartiments chromatiniens dans le noyau. Des outils moléculaires utilisant le système CRISPR-dCas9 seront mis au point dans ce projet pour d’une part, visualiser les différents compartiments chromatiniens du noyau et d’autre part, modifier la chromatine dans ces compartiments. Le ou la candidat.e étudiera l’impact de ces modifications épigénétiques induites, sur l’organisation 3D du génome par microscopie à fluorescence et par capture des contacts chromosomiques suivi d’un séquençage haut débit (technique Hi-C).

Détails du projet
L’IE recruté aura pour mission de mener à bien le projet mentionné ci-dessus, en développant un ensemble de techniques de biologie moléculaire pour la conception des outils CRISPR-dCas9 (PCR, clonage) ciblant différentes familles de séquences répétées. Ces outils CRISPR seront, d’une part, fusionnés à une protéine fluorescente pour la visualisation des compartiments en microscopie, et d’autre part, ils seront fusionnés à des protéines modifiant la chromatine (histone lysine déméthylase ou méthyltransferase). L’IE validera ces outils dans des lignées de cellules humaines (culture cellulaire, transfection). Il/elle préparera des échantillons cytologiques et procédera à leur observation en microscopie de fluorescence en 3D (hybridation de fluorescence in situ, immunocytochimie, observation de protéines marquées à la GFP). L’analyse des images 3D sera réalisée par l’IE avec des logiciels développés dans l’équipe. Par des techniques de biologie moléculaire spécifiques, l’IE réalisera des expériences de Hi-C et d’immunoprécipitation de la chromatine suivi d’un séquençage haut débit (ChIP-Seq) pour identifier les contacts chromosomiques au sein des compartiments et les marques de chromatine associées.
L’IE contribuera à l’interprétation des résultats obtenus et participera à la mise en place de nouveaux protocoles nécessaires à la réalisation du projet.

Objectifs attendus
Les outils moléculaires développés utilisant le système CRISPR-dCas9, permettront d’une part de visualiser par microscopie les différents types de compartiments chromatiniens grâce aux ciblages des séquences répétées spécifiques de ces compartiments, en fonction des différentes phases du cycle cellulaire. D’autre part, la fusion d’enzymes de modification de la chromatine permettra d’étudier l’impact des marques épigénétiques sur le repliement 3D du génome et la structuration des compartiments chromatiniens.

– Connaissances générales en biologie moléculaire et éventuellement en épigénétique
– expérience de la biologie moléculaire (plasmides, PCR, CRISPR)
– expérience de la culture et de la manipulation de lignées cellulaires (passages, transfections…)
– expérience souhaitée en imagerie cellulaire (microscopie de fluorescence, analyse d’images)
– Avoir une bonne expression et compréhension de l’anglais, écrit et oral
 – Savoir travailler en équipe
 – Mettre en forme ses résultats et savoir les présenter
 – Être rigoureux.se et organisé.e dans son travail
 – Respecter les consignes d’hygiène et sécurité du laboratoire
Lieu d’affectation : 75001 Paris, France

 
 
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Détails de l’offre d’emploi