2022-1067806 – Chargé de recherche H/F

  • Fonction Publique
  • N’importe où
  • Publié il y a 2 mois

Domaine / Métier : Recherche/Chercheuse / Chercheur
Nature de l’emploi : Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
Description du poste :
Les orchidées, comme la plupart des plantes terrestres, forment une symbiose avec les champignons du sol qui colonisent leurs racines. L’organe mixte qui en résulte, la mycorhize, est vital pour la nutrition des plantes. Pourtant, le fonctionnement de cette association et l’écologie exacte des champignons mycorhiziens dans les sols restent mal connus, notamment pour les orchidées des prairies. Les champignons fournissent-ils de la matière organique à la plante hôte ? Si oui, à quelles ressources accèdent-ils dans le sol, c’est-à-dire colonisent-ils également les racines d’autres plantes en tant qu’endophytes et/ou sont-ils des saprotrophes dans le sol ? Les données génomiques ne peuvent répondre à ces questions fonctionnelles. De plus, les orchidées sont des espèces emblématiques, voire protégées, et souvent, leur replantation ou leur réintroduction sont impossibles car on ne sait pas gérer des communautés fongiques dans les sols. Notre projet de 2 ans utilisera le marquage in situ 13 C/15 N et la détection fongique par codes-barres moléculaires pour tester l’utilisation du carbone des plantes environnantes et/ou du sol par les champignons, ainsi que son transfert aux orchidées des prairies.
Environnement de recherche : les recherches seront menées dans l’équipe du Pr M.-A. Selosse au Muséum national d’Histoire naturelle de Paris. Au sein de l’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (UMR 7205), cette équipe s’est forgée une solide   réputation en écologie et évolution des symbioses mycorhiziennes, en régions tropicales et tempérées, notamment sur les mycorhizes d’orchidées. L’équipe est connectée à l’international avec des équipes étudiant des écosystèmes tropicaux, et avec les  équipes de M.-A. Selosse en Pologne (Gdansk) et en Chine (Kunming). Elle a une tradition de forte collaboration entre étudiants et chercheurs, conduisant à une résolution efficace des problèmes, au partage des tâches à la paillasse et à de nombreuses  publications conjointes (https://isyeb.mnhn.fr/en/interactions-and-evolution-vegetal-and-fungal-models-407).
Objectifs de recherche du poste : sous la direction directe de M.-A. Selosse, au sein d’un projet de recherche ambitieux, le candidat sera en charge de trois tâches :
coordonner, avec l’aide de spécialistes dédiés d’un laboratoire INRAE, les expériences  de marquage in situ en France ; 
récupérer les échantillons et réaliser des analyses isotopiques (non radioactives) au MNHN ;
préparer des échantillons pour le code-barre moléculaire (Illumina, le séquençage étant sous-traité) et utiliser des  pipelines d’analyse établis. Pour toutes ces tâches, une aide technique sera fournie. Le chargé de recherche doit coordonner les tâches et rédiger des articles qui incluront (1) des données déjà disponibles et (2) ses données, issues de ce projet. Le candidat sera  également impliqué dans la recherche sur les réseaux mycorhiziens par l’équipe.

Le candidat doit être titulaire d’un doctorat dans le domaine des sciences microbiennes sensu lato et pouloir suivre et encadrer un projet de recherche.
Connaissances en biologie moléculaire, avec un intérêt pour les applications écologiques et/ou le code-barre moléculaire NGS ou compétences en physiologie mycorhizienne ou végétale.
Une formation sera dispensée pour les compétences manquantes.
Connaissance du français appréciée, mais non obligatoire. Une expérience (ou une envie) d’expérimentation de terrain en France métropolitaine est attendue.
La capacité à collaborer dans une équipe est strictement requise.
Enfin, les données déjà disponibles et celles à acquérir permettront la rédaction d’articles : l’écriture papier est une compétence clé.
Géolocalisation du poste : 75001 Paris, France
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Détails de l’offre d’emploi
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