2022-985899 – Ingénieur en calcul scientifique H/F

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  • N’importe où
  • Publié il y a 1 mois

Domaine / Métier : Recherche/Chercheuse / Chercheur
Nature de l’emploi : Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
Description du poste :
La mission de l’Ingénieur de Recherche en analyse de données haute dimension sera d’apporter son expertise opérationnelle pour développer des algorithmes permettant de valoriser davantage de projets de recherche nécessitant l’utilisation massive et croisées de données.

Accompagnement de projets (40%).
Utiliser les méthodes émergentes en apprentissage profond et en statistiques dans le but de faciliter le traitement, la visualisation et l’analyse de données de haute dimension variées (séquences d’ADN, de protéines, de spectrométrie de masse, de microscopie, etc.).
Participer à l’interprétation des données en lien avec les responsables des projets de recherche ainsi qu’à leur valorisation, notamment par la rédaction d’articles de recherche et la mise à disposition des outils d’analyse développés par un système assurant la reproductibilité des analyses et le respect du principe FAIR (Github, …).
Orienter et conseiller en amont les utilisateurs pour la mise en œuvre des protocoles expérimentaux et des méthodes d’étude. En particulier, aider les expérimentateurs à estimer la pertinence entre la stratégie expérimentale, la technologie utilisée et les moyens à mettre en œuvre pour l’analyse.
Participer à la rédaction et la mise en œuvre de projets de type ANR ou ERC portés par des chercheurs du Muséum sur les aspects techniques de l’acquisition de données et des moyens de leur analyse.

Recherche et développement (30%).
En lien avec les collaborations suscitées par les équipes du MNHN, développer et implémenter des méthodes d’analyse, reproductibles et mutualisables, visant à mieux comprendre l’évolution des génomes et des organismes, ainsi que leur mode de vie, leur démographie et les moyens de les préserver.
Assurer la veille technologique et scientifique sur les méthodes computationnelles de génomique, métabolomique et imagerie à haut débit, et pouvoir assurer le transfert aux espèces non conventionnelles d’outils d’analyse développés chez les organismes modèles (ex. souris, levure, Arabidiopsis…).

Formation (15%).
Participer aux enseignements en analyse de données proposés par l’établissement ainsi qu’au développement de nouvelles offres pédagogiques autour de l’utilisation de l’apprentissage profond pour l’histoire naturelle.
Participer à l’animation d’un réseau de bio-informaticiens et de chercheurs utilisant la biologie computationnelle au Muséum.

Développement et maintenance de l’outil informatique (15%).
Développer et maintenir l’infrastructure matérielle et système nécessaire aux analyses conduites au sein de service. Participer à la maintenance du cluster de calcul en lien avec la DINSI.
Prendre part à la gestion des documentations et protocoles nécessaires à la pérennisation au MNHN des compétences développées au cours des différents projets.

Formation Bac+5 et/ou doctorat dans un domaine lié au profil recherché.
Pratique de haut niveau d’un (ou plusieurs) langage(s) de programmation (Python, R, C, …)
Une connaissance approfondie des méthodes d’apprentissage machine, de visualisation de données haute dimension et de classification (Réseaux de neurones profonds, Random Forest, Support Vector Machine, …).
Connaissances de base en installation et maintenance de systèmes type Unix.
Expérience dans l’analyse des données biologiques variées et dans leur interprétation.
Anglais scientifique et technique, oral et écrit.
Savoir gérer plusieurs projets en parallèle et leur calendrier.
Aimer travailler en équipe.
Géolocalisation du poste : 75001 Paris, France
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Détails de l’offre d’emploi
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