2023-1177390 – Chargé d’étude scientitfique spécialisé en mycologie H/F

  • Fonction Publique
  • N’importe où
  • Publié il y a 2 mois

Domaine / Métier : Recherche/Chercheuse / Chercheur
Nature de l’emploi : Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
Description du poste :
Les champignons sont souvent détectés dans l’environnement par des méthodes moléculaires (barcoding par amplification et séquençage du 18S ou de l’ITS). Les banques de données (Unite, GenBank…) contiennent des séquences de « référence » qui permettent d’affilier les séquences détectées aux espèces connues. Cependant, l’identification de ces références n’est pas toujours fiable et les séquences de référence manquent encore pour de très nombreuses espèces de France. Enfin, l’expertise taxonomique repose sur des mycologues amateurs éparpillés en France, dont le savoir-faire et les collections sont très mal valorisés par les institutions scientifiques, et pas toujours pérennisés.
Le projet Funif-Coll vise à produire des séquences de référence fiables, correspondant à des spécimens d’herbiers, déposés chez des privés ou au sein de l’Herbier du Muséum.
Le poste relève de la direction générale déléguée aux collections (DGD-C) qui contribue aux activités de la mission du Muséum en termes de recherche, d’enseignement, d’expertise et de diffusion. Il est situé à l’Herbier du Muséum national d’Histoire naturelle, l’un des plus anciens et des plus riches au monde, rénové en 2013. Sous l’autorité administrative de la directrice des collections naturalistes, le/la titulaire du contrat est placé/e sous la responsabilité hiérarchique de la responsable du service de conservation des collections de Botanique (Herbier du Muséum). Celles-ci comportent des collections de champignons dont le responsable scientifique est Bart Buyck.
Le poste est environné d’une équipe dirigée par le Professeur M.-A. Selosse au Muséum à Paris (équipe Interactions et évolution végétale et fongique, https://isyeb.mnhn.fr/en/interactions-and-evolution-vegetal-and-fungal-models-407), où travaille également B. Buyck. Cette équipe, dynamique, collégiale et intergénérationnelle, additionne des compétences mycologique et botanique avec des approches écologiques (notamment des symbioses mycorhiziennes et des microbiotes végétaux). Elle possède une plate-forme technique de biologie moléculaire dans ses murs et a une forte expertise en systématique et barcoding.
 
Activités principales :

collecter des échantillons lors de colloques mycologiques, en suivant des mycologues sur le terrain, ou en contactant des mycologues amateurs (en utilisant les liens et les collaborateurs d’INEVEF) ;
générer les séquences de l’ITS et du 18S des échantillons collectés, voire pour quelques espèces à position phylogénétique douteuse, d’autres marqueurs d’intérêt (en s’appuyant sur le savoir-faire des membres d’INEVEF en biologie moléculaire et/ou en systématique) ;
déposer et annoter dans les banques de données internationales les séquences obtenues et leur lien à des spécimens d’herbier (herbier où l’échantillon a été collecté ou bien dépôt dans l’Herbier du Muséum, sous la direction du responsable scientifique de la collection).

Compétences recherchées : 
une expérience de gestion d’herbier ou de collection,
une connaissance mycologique (amateur ou niveau universitaire élémentaire),
une pratique de biologie moléculaire de base (niveau mastère ou des stages/ postes),
une compétence bio-informatique élémentaire
organiser des voyages pour collecter (aux frais du programme) en France métropolitaine (permis de conduire B et voiture souhaités).
réaliser le travail de biologie moléculaire et déposer les séquences
Formation : une priorité sera donnée à l’expérience et à la motivation mais un niveau minimum M2 est souhaité.
Savoir être :
 Rigueur, patience et minutie
 Sens de l’organisation
 Aptitudes relationnelles pour travailler en équipe
 Respect des directives et des consignes de bonnes pratiques
Géolocalisation du poste : 75001 Paris, France
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Détails de l’offre d’emploi
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